W latach 1621-1622 brał udział w wyprawie inflanckiej hetmana polnego litewskiego Krzysztofa Radziwiłła, na którego dworze służył od roku 1619. Za zabójstwo dokonane wraz z bratem (na Kasprze Jaruzelu Brzeźnickim, palestrancie, którego rzekome machinacje doprowadziły rodzinę Arciszewskich do ruiny) został skazany na infamię oraz banicję i wygnany z kraju. W 1623 przybył do Holandii i osiadł w Hadze. Zapewne wtedy przeszedł na kalwinizm, którego wyznawcą został już do końca życia. Dzięki poparciu i pomocy finansowej hetmana Krzysztofa Radziwiłła podjął studia w dziedzinie inżynierii wojskowej i artylerii. Studiował również nawigację na uniwersytecie w Lejdzie. Brał udział w wojnie trzydziestoletniej po obu stronach konfliktu. W końcu 1623, jako ochotnik, walczył w odsieczy Bredy, pod dowództwem księcia Maurycego Orańskiego. Po kilkumiesięcznym pobycie w Polsce (zima 1625/1626) udał się do Francji i kształcił się w Paryżu w zakresie artylerii. Pełnił funkcję tajnego wysłannika hetmana Radziwiłła na dworze francuskim, czym naraził się królowi Zygmuntowi III Wazie i ponownie uniemożliwił Arciszewskiemu powrót do Polski. W roku 1629, pod sztandarem francuskim kardynała Richelieu, zdobywał protestancką twierdzę La Rochelle.

W listopadzie 1629 zaciągnął się do służby holenderskiej w Kompanii Zachodnioindyjskiej w stopniu kapitana. Dotarł do Brazylii razem z 7-tysięczną ekspedycją wysłaną przeciw Hiszpanii i Portugalii. 13 lutego 1630 wraz z desantem wojsk Kompanii wylądował w Pernambuco. Brał udział w wielu bitwach i potyczkach. Szturmował twierdze Olinda i Recife. Pod jego dowództwem holenderski desant zajął wysepkę Itamaracá. Dzięki odwadze i waleczności, którą wykazywał się w boju, szybko awansował do rangi majora. W 1633 powrócił do Niderlandów, gdzie ponownie zawierzono jego doświadczeniu i po awansowaniu do stopnia pułkownika wysłano do Brazylii. Był tam zastępcą naczelnego wodza Sigismunda von Schkoppego. Arciszewski na czele 366 ludzi obsadził ufortyfikowany przyczółek nazwany Fort Oranje, na cześć rodziny Oranje-Nassau (po odzyskaniu przez Portugalczyków przemianowany na Forte de Santa Cruz). Najsłynniejsze osiągnięcia militarne: zdobycie twierdzy Arrayal (Castello Real) i Porto Calvo (18 stycznia 1636), oblężenie Nazareth. W 1637 został wicegubernatorem holenderskiej Brazylii, podwładnym hrabiego Maurycego de Nassau-Siegen. Przez pewien czas pełnił funkcję wodza naczelnego sił holenderskich w Brazylii. Jednak różnica poglądów na sposób prowadzenia kampanii w Brazylii pomiędzy Arciszewskim a hrabią de Nassau doprowadziła do powrotu Arciszewskiego do Holandii w 1637. W rok później zły obrót spraw na kontynencie południowoamerykańskim skłonił Niderlandy do ponownego wysłania do Brazylii, tym razem już generała Arciszewskiego. Gubernator de Nassau po raz kolejny poczuł się zagrożony i przeforsował w Radzie Politycznej kolonii zwolnienie Krzysztofa Arciszewskiego ze służby i odesłanie go do Holandii. Decyzja Rady nie została uznana przez Stany Generalne (parlament holenderski), jednak ambicja Arciszewskiego nie pozwoliła mu na bierność i osobiście poprosił o dymisję. Przez cały okres pobytu w Ameryce Arciszewski spisywał swoje obserwacje dotyczące plemion indiańskich, z którymi walczył ramię w ramię lub zetknął się na swej drodze. Zaniepokojony o losy tego dorobku w wypadku ewentualnej śmierci na polu bitwy, wysłał go statkiem do Holandii, do znajomego naukowca Gerarda Vossa. W 1642 w Amsterdamie ukazało się dzieło Vossa „De theologia gentili et physiologia christiana sive de origine et progressu idolatriae”, w którym cytował on z entuzjazmem całe fragmenty przekazanych mu wcześniej notatek Polaka. Etnograficzne obserwacje Arciszewskiego były przyjmowane z wielką atencją przez środowisko naukowe XVII-wiecznej Holandii. Niestety wkrótce zostały zapomniane na z górą 200 lat. W 1646 powrócił do Polski i przyjął ponowioną przez króla Władysława IV Wazę propozycję objęcia dowództwa artylerii koronnej.

Pod panowaniem Jana II Kazimierza Wazy uczestniczył w wojnach z kozaczyzną i Tatarami. We wrześniu 1648 podczas powstania Chmielnickiego dowodził obroną Lwowa, brał udział w odsieczy Zbaraża, walczył w bitwach pod Zborowem i Piławcami. Wykorzystując swoje doświadczenia wyniesione ze służby w Brazylii, wprowadził wiele reform i udoskonaleń w dziedzinie artylerii i budowy fortyfikacji. Ambicja Arciszewskiego po raz kolejny wzięła górę. Na skutek otwartego konfliktu z kanclerzem wielkim koronnym Jerzym Ossolińskim, podówczas mianowanym generalissimusem, w 1650 złożył dymisję z zajmowanych stanowisk i odsunął się w zacisze rodzinne. Zmarł w 1656 i został pochowany w kalwińskim kościele w Lesznie, lecz jego ciało spłonęło wkrótce, ponieważ Leszno za pomoc wojskom szwedzkim podczas potopu zostało podpalone i zniszczone