„Vasa” to królewski galeon budowany przez 2 lata dla wzmocnienia floty. Kiedy w sierpniu 1628 roku spływał na wodę, zapewne nikt z obecnych nie przewidział jego dalszego losu. Okręt zatonął wskutek błędnego rozmieszczenia balastu i zbyt wysoko umieszczonych dział. Na oczach licznej widowni doszło do kompromitacji budowniczych, którzy nie przewidzieli skutków błędnych decyzji.

Kiedy w 1956 roku badacz Anders Franzén odkrył wrak okrętu „Vasa”, wiadomo było, że tylko kwestią czasu jest jego wydobycie. Prace poszukiwawcze trwały 4 lata, w końcu udało się zlokalizować okręt, który przed wiekami przysporzył wstydu koronie.Gdy trwały jeszcze prace specjalistów, rozstrzygnięto konkurs na projekt budynku muzeum, które mogłoby pomieścić zabytek. Był na tyle wielki, że nie mieścił się do żadnego istniejącego obiektu, a było dla wszystkich jasne, że musi zostać odpowiednio wyeksponowany. Projekt wykonała pracownia architektoniczna Månsson Dahlbäck Arkitektkontor, firma znana z łączenia tradycji z nowoczesnością. Projekt udostępniony do publicznej oceany budził mieszane uczucia, ale więcej było głosów akceptujących formę planowanej ekspozycji. Zrezygnowano z instalowania masztów na swoich miejscach, ponieważ zagrażałoby to bezpieczeństwu zwiedzających. Zamiast tego wkomponowano je w elewację budynku dodając mu dodatkowej dynamiki. Gmach ukończono w 1990 roku. Do budowy zużyto 10 000 m³ betonu. Budynek muzeum zajmuje powierzchnię 12 700 m², jego kubatura wynosi 117 000 m³, a powierzchnia okien – 55 000 m². Miedziany dach ma powierzchnię 12 000 m² i waży ok. 100 ton.. Muzeum otwarto 15 czerwca 1990. 26 kwietnia 2011 liczniki zainstalowane w muzealnych drzwiach zarejestrowały 30-milionowego zwiedzającego, Amerykankę Kristine Herb.

W rankingu najciekawszych światowych muzeów, opracowanym przez czytelników „TripAdvisor.pl”, Vasa Museum zajęło 5 lokatę wyprzedzając tak znane placówki jak londyńskie Victoria and Albert Museum, paryski  Luwr czy Rijksmuseum w Amsterdamie.