24 marca 2001roku podczas XXXIX Sejmiku PZŻ prezesem Związku został Wiesław Kaczmarek.
Swoją funkcję piastował do roku 2017, najdłużej w historii Związku, bo aż 16 lat. Jego następcą został Tomasz Chamera, który po dziś dzień pozostaje na stanowisku.
Dotychczas, w 100-letniej historii PZŻ Związkiem kierowało 22 prezesów i 4 przewodniczących Sekcji Żeglarskiej GKKF. Sekcja ta działała w okresie stalinowskim i była wynikiem przeobrażeń związków sportowych na wzór radziecki, w którym nie funkcjonowały autonomiczne związki, a sekcje centralnego organu. Po październikowej odwilży reaktywowano PZŻ na jesieni 1956 roku.
Okres międzywojenny
Józef Klejnot-Turski 11.05.1924 – 27.11.1926
Ludwik Szwykowski 27.11.1926 – 04.1929
Antoni Aleksandrowicz 04.1929 – 21.02.1932
Mariusz Zaruski 21.02.1932 – 27.01.1935
Czesław Petelenz 27.01.1935 – 11.04.1937
Władysław Kiliński 11.04.1937 – 01.09.1939
Okres powojenny
Mikołaj Osiński 02.1945 – 04.1945
Kazimierz Białkowski 24.02.1946 – 04.08.1946
Kazimierz Petrusewicz 04.08.1946 – 07.03.1949
Witold Zakrzewski 07.03.1949 – 04.02..1951
Jerzy Putrament 04.02.1951 – 04.07.1951 Przewodniczący Sekcji Żeglarskiej GKKF
Czesław Nowaczyk 04.07.1951 – 19.04.1953 Przewodniczący Sekcji Żeglarskiej GKKF
Zygmunt Krzycki 19.04.1953 – 17.01.1954 Przewodniczący Sekcji Żeglarskiej GKKF
Edward Pękalski 17.01.1954 – 08.04.1956 Przewodniczący Sekcji Żeglarskiej GKKF
Włodzimierz Głowacki 08.04.1956 – 21.02.1960
Jan Wiśniewski 21.02.1960 – 1967
Jerzy Szopa 1967 – 16.12.1973
Andrzej Benesz 16.12.1973 – 03.12.1976
Tadeusz Żyłkowski 03.12.1977 – 29.03.1981
Stanisław Bejgier 29.03.1981 – 16.04.1983
Jerzy Korzonek 16.04.1983 – 1985
Mieczysław Rakowski 1985 – 15.04.1989
Ireneusz Sekuła 15.04.1989 – 24.11.1991
Ludwik Vogt 24.11.1991 – 03.05.1995
Stanisław Tołwiński 03.05.1995 – 24.03.2001
Wiesław Kaczmarek 24 marca 2001 – 23.03.2017
Tomasz Chamera 24.03.2017 – obecnie