Ukończył Gimnazjum im. Adama Mickiewicza w Poznaniu. Następnie podjął studia w Akademii Handlowej. W latach 1946–1950 pracował w Zachodniej Agencji Prasowej, Wydawnictwie Zachodnim i Wydawnictwie Morskim, następnie w Wydawnictwie Ligi Morskiej i Wydawnictwach Morskich i Komunikacyjnych, a w latach 1954–1958 w delegaturze Wydawnictwa Ossolineum w Poznaniu. Historyk z zamiłowania i badacz dziejów Polskiej Marynarki Wojennej, zwłaszcza w okresie międzywojennym i II wojny światowej. Opublikował około 2000 artykułów w prasie i czasopismach, periodykach fachowych i historycznych, a także ponad 50 książek i broszur (w tym Miniatur Morskich) o łącznym nakładzie ponad 2,5 mln egzemplarzy. Był redaktorem Wydawnictw Ligi Morskiej w Sopocie, Wydawnictwa Morskiego i działu wydawniczego Towarzystwa Przyjaciół Nauki i Sztuki w Gdańsku. Członek Rady Krajowej PRON w 1983 roku. W poznańskim mieszkaniu, w którym tworzył i spędził ostatnie lata życia, powstała w 1992 z daru rodziny pisarza Izba Pamięci Jerzego Pertka. Zbiory te zostały przeniesione w 2004 do Biblioteki Raczyńskich w Poznaniu. Księgozbiór, jak i notatki dokumentacyjne, a także bogaty zbiór prasy marynistycznej są obecnie udostępniane do prac naukowych. Pochowany na poznańskim Cmentarzu Junikowskim. Odznaczony min. Krzyżem Komandorskim Orderu Odrodzenia Polski, Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski, Złotym Medalem „Za zasługi dla obronności kraju”.

Publikacje: Wielkie dni małej floty, Polacy na morzach i oceanach, t. 1 – tomu drugiego już nie zdążył napisać, Pod obcymi banderami, Dzieje ORP „Orzeł”, Druga mała flota, Od Dunkierki do Dakaru, Okręty podwodne „Ryś”, „Żbik”, „Wilk”, „Burza” weteran atlantyckich szlaków, Królewski statek „Batory”, Marynarze generała Kleeberga, Mała flota wielka duchem, , Morze w ogniu 1939-1945, Od Reichsmarine do Bundesmarine, Zatopienie „Scharnhorsta” i „Tirpitza”, „Barbarossa” na morzu 1941-1942, Korsarze wyruszają na morza i oceany, Rajdy niemieckich pancerników, Bitwy konwojowe na arktycznej trasie, Na Bałtyku, w Arktyce i na Morzu Czarnym, Okręty pomocnicze, Miniatury Morskie (seria „Polskie okręty wojenne w latach 1920–1945”, zeszyt 18 i 19, Wydawnictwo Morskie, Gdynia, 1959). Pertek napisał ponad 2 tysiące artykułów oraz 60 książek. Współpracował z wieloma czasopismami oraz redakcją Polskiego Słownika Biograficznego, w którym opublikował kilkadziesiąt życiorysów ludzi morza. Najwięcej publikacji poświęcił historii polskiej marynarki w czasach II wojny światowej, do najbardziej znanych należą: „Wielkie dni małej floty”,  „Druga mała flota” i „Pod obcymi banderami”.

Po śmierci pisarza rodzina przekazała spuściznę Bibliotece Raczyńskich. Kolekcja zbierana przez Jerzego Pertka od wczesnej młodości liczy ok. 3800 książek i 870 woluminów specjalistycznych czasopism morskich. Najciekawszą część spuścizny stanowi korespondencja pisarza oraz kilka tysięcy fotografii, przedstawiających ludzi morza i okręty Polskiej Marynarki Wojennej w okresie II wojny światowej.