Na stronie internetowej organizacji, można przeczytać: „Grupa anarchistów zaczęła od starań likwidacji zarządzeń o uprawianiu żeglugi morskiej (w tym tzw. klauzul), obalenia Regulaminu Służby Morskiej Statku Sportowego, obowiązkowych badań lekarskich, wymogu posiadania Karty Pływackiej. Później wzięli się za procedury celne, graniczne i portowe”. Jesień 1990 roku to był czas organizowania się nowego stowarzyszenia, a wśród założycieli znaleźć można nazwiska wielu znanych żeglarzy. Jerzy Kuliński, Jan Derencz, Władysław Schischke, Ignacy Makowski, Wiesław Chrzanowski, Wiesław Woźniak, Eugeniusz Ziółkowski, Henryk Brylski, Andrzej Dziewulski, Wacław Liskiewicz, Tadeusz Duma, Krystyna Chojnowska-Liskiewicz, Zbigniew Wierzbicki, Ryszard Szatkowski, Piotr Mroczek to ojcowie-założyciele SAJ wymienieni na wspomnianej stronie internetowej. Pierwszym prezesem SAJ została Krystyna Chojnowska-Liskiewicz. Powołanie struktury niestety nie skłoniło aktywistów do działania, wkrótce, na kilka lat, zamarła jakakolwiek działalność. Ponieważ apele o aktywność pozostawały bez echa, do akcji wkroczył Urząd Miejski w Gdańsku powołując kuratora, który reaktywował stowarzyszenie. Wybrano tymczasową Radę Armatorską i Prezesa, którym został znany chyba wszystkim Jerzy Kuliński, który od 2008 roku jest Członkiem Honorowym SAJ. W 2007 roku powołano nowy Zarząd, na którego czele stanął Grzegorz Kuchta pozostając prezesem do 2010 roku. Dokonano pełnej reaktywacji stowarzyszenia, zmieniono Statut, dokonano rejestracji w KRS i uruchomiono stronę internetową SAJ www.saj.org.pl. Od 2010 roku prezesem był Janusz Szwendowski, który ustąpił rok później, a zastąpił go Wiesław Cybulski, którego z kolei zastąpił Andrzej Remiszewski pełniący tę funkcję także w kolejnej, od 2013 roku, kadencji. Na zakończenie kadencji, w marcu 2016 roku, liczba członków Stowarzyszenia, wynosiła 456 osób